Afin de diagnostiquer une infection bactérienne présumée, un échantillon est prélevé sur l'animal à l'aide d'un écouvillon, d'un coton-tige ou sous forme de liquide ou de sécrétions, comme de l'urine. Ces prélèvements sont ensuite envoyés à un laboratoire spécialisé en bactériologie.
En fonction des besoins diagnostiques du vétérinaire, l'échantillon est cultivé sur différents milieux de culture, à diverses températures et dans différents environnements gazeux. Parfois, un test direct de l’échantillon est effectué et analysé au microscope pour fournir une première réponse.
Il faut plusieurs jours pour obtenir les résultats définitifs d'une culture bactérienne. Les bactéries doivent se développer sur le milieu de culture avant que leur espèce et leur résistance ne puissent être déterminées. Lors de la détermination de la résistance, on évalue la sensibilité de l'isolat bactérien à différents antibiotiques. Cette étape est essentielle pour administrer le traitement antibiotique le plus adapté à l'animal.